มูลนิธิกองทุนรักษ์ช้าง เดิมใช้ชื่อว่า "กองทุนรักษ์ช้างภาคเหนือ" ซึ่งก่อตั้งและเริ่มดำเนินงาน เมื่อเดือนกรกฎาคม 2536 เดิมทีนั้นมีวัตถุประสงค์เพื่อช่วยเหลือช้างในเขตภาคเหนือตอนบนรวม 11 จังหวัด ได้แก่ เชียงใหม่ ลำพูน ลำปาง พะเยา เชียงราย แพร่ น่าน อุตรดิตถ์ สุโขทัย ตาก และแม่ฮ่องสอน โดยจัดทำโครงการ "หมอช้างสัญจร" เพื่อให้มีสัตวแพทย์ออกตรวจเยี่ยมสุขภาพ รักษาพยาบาลช้างให้กับประชาชนในท้องที่ พร้อมกันนั้นยังจัดทำ "ทำเนียบช้าง" เพื่อติดตามจำนวนและโครงสร้างของประชากรช้างในพื้นที่

         นอกจากการช่วยเหลือช้างในทางตรงแล้ว กองทุนรักษ์ช้างภาคเหนือยังมีแนวคิดที่จะปรับปรุง แก้ไขกฎหมายช้างที่ล้าสมัยให้เหมาะสมกับสถานการณ์ของช้างมากขึ้น เพื่อให้การเลี้ยงช้างมีระเบียบ มีกฎเกณฑ์เข้มงวดขึ้น และยังสนับสนุน "ศูนย์อนุรักษ์ช้างไทย" ในสมัยนั้น ด้วยการเชิญชวนผู้มีเมตตาจิตรับเป็นพ่อแม่อุปถัมภ์ช้าง เพื่อช่วยเหลือค่าเลี้ยงดูลูกช้างเป็นรายปี และจัดทำกิจกรรมต่าง ๆ เพื่อหารายได้สนับสนุนกิจการที่จำเป็นเกี่ยวกับช้าง อันได้แก่  ค่าอาหารช้าง ค่ายารักษาโรค และการปรับปรุงพื้นที่ที่ช้างอาศัยอยู่ เป็นต้น

         อีกหนึ่งภารกิจที่สำคัญก็คือ การให้ความรู้เกี่ยวกับการดูแลช้างที่เหมาะสมให้แก่บุคคลากรที่เกี่ยวข้อง ไม่ว่าจะเป็นเจ้าของช้างหรือควาญช้าง รวมถึงการเผยแพร่เรื่องช้างให้เยาวชน และประชาชนทั่วไปได้เกิดความรักความเมตตาต่อช้างมากขึ้น

              จากกิจกรรมของกองทุนรักษ์ช้างภาคเหนือที่ดำเนินงานอย่างต่อเนื่อง จนมีขอบข่ายที่กว้างขวางขึ้น มีความจำเป็นต้องอาศัยความร่วมมือของบุคคลที่เกี่ยวข้องและต้องการผู้สนับสนุนที่มากขึ้น กองทุนรักษ์ช้างภาคเหนือจึงได้ดำเนินการจัดตั้งเป็น “มูลนิธิกองทุนรักษ์ช้างภาคเหนือ”  โดยได้รับอนุญาตให้จดทะเบียนจัดตั้งเป็นมูลนิธิเมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม 2543

        ในระยะเวลาไม่นานต่อจากนั้น มูลนิธิกองทุนรักษ์ช้างภาคเหนือเล็งเห็นว่าวัตถุประสงค์  กิจกรรมและโครงการต่าง ๆ ที่มูลนิธิกองทุนรักษ์ช้างภาคเหนือกำลังดำเนินงานอยู่นั้น สามารถครอบคลุมการช่วยเหลือช้างเลี้ยงในทั่วทุกภูมิภาคของประเทศไทย ในวันที่ 6 ม.ค. 2553 จึงขอเปลี่ยนชื่อเป็น “มูลนิธิกองทุนรักษ์ช้าง” ดังเช่นในปัจจุบัน